Tant que le dépôt en couches géologiques profondes n’est pas fermé, les déchets appartiennent à ceux qui les ont produits (exploitants de centrales nucléaires et Confédération). La loi oblige ces derniers à gérer les déchets à leurs propres frais et de manière sûre. C’est dans ce but que les exploitants des centrales nucléaires suisses et la Confédération ont créé en 1972 la Société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs (Nagra), la chargeant de gérer les déchets radioactifs.

Après la fermeture du dépôt ou au terme de la période de surveillance, le Conseil fédéral doit constater que le dépôt n’est plus régi par la législation sur l’énergie nucléaire. C’est seulement à ce moment que la responsabilité passe entièrement à la Confédération. En cas de récupération de déchets radioactifs visant l’utilisation de ressources (p. ex. éléments combustibles usés), le financement doit être assuré par les bénéficiaires.