Die Finanzierung der Stilllegung von Kernanlagen sowie der Entsorgung radioaktiver Abfälle und abgebrannter Brennelemente ist im Kernenergiegesetz und weiteren Erlassen umfassend geregelt. Mit dem Stilllegungsfonds und dem Entsorgungsfonds bestehen in der Schweiz zwei unabhängige Fonds unter Aufsicht des Bundesrats. Sie werden durch jährliche Beiträge der Betreiber/innen der Kernkraftwerke geäufnet. Sie reichen die Kosten an die Konsument/innen weiter: Im Preis für Nuklearstrom ist die Entsorgung inbegriffen. Pro Kilowattstunde beträgt die Abgabe im Mittel 1 Rappen (Preisstand 2018).

Die Entsorgungspflichtigen tragen auch die Kosten für das Auswahlverfahren. Sie finanzieren direkt die Untersuchungen, welche für die Erarbeitung der Standortgebietsvorschläge notwendig sind. Weitere Kosten, welche im Rahmen des Sachplans anfallen, werden den Entsorgungspflichtigen in Rechnung gestellt.